Le CNESTEN est un centre scientifique et technique organisé en unités scientifiques couvrant ses différents secteurs d'activité et les technologies qui y sont exploitées.
Des unités de support sont chargées de la gestion administrative du Centre avec les tâches habituelles de gestion du personnel, de  finances  et de la logistique.
Cette organisation  dont nous présentons les grandes lignes dans la sous rubrique " Unités Scientifiques et Administratives" devrait laisser place dans un très proche avenir à un nouvel organigramme qui prévoit cinq Pôles d'Activités: 

Direction Générale: Mr. Khalid El Mediouri